继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：麦克·梅尔斯 珍妮弗·桑德斯 杰瑞米·艾恩斯 科甘-迈克尔·凯 郑肯 莉迪娅·韦斯特 Gregory Hoyt Daniel Booroff Nicklas Kingo 唐纳德·萨基·马凯 马丁·安格鲍尔 大卫·穆梅尼 尼克·哈里斯 Sarah Mhlanga 罗伯·劳 黛比·玛扎 玛丽娅·曼努诺斯 理查德·麦凯布 菲奥娜·斯金纳尔 丹尼尔·厄根 菲尔·韦伯斯特
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演员：大卫·田纳特 杰西卡·海因斯 麦莉·洛克 伊登·黑赫斯特 希滕·珀泰尔 莎莉·里夫 Aurora Burghart Jo Cameron Brown Eva Fontaine
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演员：威尔·福特 罗宾·卡拉 Seán óg Cairns 大卫·皮尔斯 Peter Bankolé 克丽·麦克莱恩 马鲁安·佐蒂 查尔斯·凯利 Fergus Mulligan Clodagh Mooney Duggan 帕诺·马斯蒂 Zeff Lawless Charlotte Carway 西沃恩·卡伦 大卫·威尔莫特 克里斯·瓦利 保罗·泰来克 诺玛·谢汗 Mary O'Driscoll Mae Higgins
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